С 1999 года школа перешла на разноуровневое обучение по программам АВС в классах I и II ступени образования.
Введение инновационной деятельности в учебный процесс повлекло существенные изменения методического арсенала:
1. Организация работы по системе развивающего обучения Л.В. Занкова.
2. Освоение методики В.Н. Зайцева и П.С. Тоцкого на уроках русского языка.
3. Нестандартные формы проведения занятий.
4. Проведение интегрированных уроков.
5. Работа психологической службы
Все это позволило вычленить главные направления программы развития школы:
Управление процессом развития школы как системы в целом.
Развитие инновационной деятельности.
Расширение дополнительного образования.
Совершенствование работы медико – психологической службы, позволяющей постоянно осуществлять диагностику детей с последующей дифференцированной работой с ними.
Изменения в содержании образования:
а) введение разноуровнего обучения и дальнейшее совершенствование этой работы;
б) осуществление работы по базисному плану 1998 года;
в) использование параллельных учебников;
г) продолжение работы по системе развивающего обучения (Л.В.Занков, Д.Б.Эльконин и В.В. Давыдов);
д) использование идей опыта В.Ф.Шаталова, Хазанкина, П.С.Тоцкого, В.Н.Зайцева, С.Н. Лысенковой.
е) введение интегрированных курсов (математика – информатика, физика – математика, культура и история мировых цивилизаций).
Сегодня Муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 2» - это адаптивная система обучения и воспитания – «Школа для всех». Ее отличают высокий уровень преподавания, рост профессионального мастерства педагогов, атмосфера творчества и сотрудничества учителей, учащихся и их родителей, бережное отношение к личности ребенка.